Tiền thân của trường là khoa Y-Nha-Dược thuộc Trường Đại học Cần Thơ.Có thể kể đến lịch sử hình thành như sau:

• Tháng 7 năm 1979: Thành lập khoa Y - Nha - Dược thuộc Trường Đại học Cần Thơ.
• Ngày 25 tháng 12 năm 2002: Khoa Y - Nha - Dược được tách ra để thành lập Trường Đại học Y-Dược Cần Thơ trực thuộc Bộ Y tế.
• Năm 2011: Bộ trưởng Bộ Y tế ký quyết định thành lập Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Cần Thơ.
• Năm 2017: Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho Trường Đại học Y dược Cần Thơ thực hiện đề án tự chủ đại học, là Trường đại học Khoa học sức khỏe đầu tiên ở Việt Nam thực hiện tự chủ.